Несмотря на тяжелое время, развитие науки не должно было остановиться. Это понимали все сотрудники ГАИШа (Государственный Астрономический Институт имени П.К. Штернберга): наряду с решением задач практической астрономии здесь, например, проводилось систематическое фотографирование звездного неба на экваториальной камере. С. В. Орлов завершил работу «Голова кометы и новая классификация кометных форм». За эту работу, а также за предыдущие труды — «Кометы» и «Природа комет»— он получил в 1943 году Государственную премию.
Б. А. Воронцов-Вельяминов, изготовив параллактический штатив, получил фотографии кометы (1943 г.), о чем тогда писали газеты. Он составил также командирский сумеречный график, чтобы командирам было легко определять моменты восхода и захода Солнца, начало и конец сумерек для любой широты. Этот график был сдан в Военный отдел ЦК партии Казахстана для дальнейшего использования. За чтение популярных лекций в госпиталях Б. А. Воронцов-Вельяминов получил благодарность от командующего войсками округа.
В. Г. Фесенков и Н. Н. Парийский занимались вопросами космогонии. В 1944 году вышла книга В. Г. Фесенкова «Космогония Солнечной системы», в которой он предложил гипотезу происхождения Солнечной системы. Н. Н. Парийский на основе своих расчетов показал, что известная космогоническая теория Джинса оказывается несостоятельной с чисто динамической точки зрения, так как проходящая звезда не могла дать планетам достаточный момент количества движения: планеты либо имели бы малые орбиты, либо отрывались от Солнца.
В 1943 году А. Б. Северный защитил диссертацию, посвященную проблемам устойчивости вращающихся газовых шаров и звезд. Тема диссертации Э. Р. Мустеля — «Об устойчивости физических условий в оболочках новых звезд». В этой работе и в работах последующих лет он детально проанализировал процессы, вызывающие наблюдаемые спектры новых звезд, и дал картину образования и движения оболочек при вспышке новых звезд.
Начали работать сначала аспирантами, а затем сотрудниками института И. С. Шкловский и А. Л. Зельманов. И. С. Шкловский занимался проблемами солнечной короны, опубликовал работу о ее химическом составе, а А. Л. Зельманов в это же время приступил к работам по проблемам космогонии.
Таким образом, и в трудных условиях военного времени в ГАИШе продолжалась интенсивная и разнообразная научная деятельность, хотя наличный состав института заметно сократился и значительное время был разбросан по разным городам.
В начале войны многие сотрудники ГАИШа подали заявление об отправке на фронт или вступили добровольцами в 8-ю Краснопресненскую дивизию народного ополчения Москвы. В ополчение вступили М. П. Косачевский, Т. В. Водопьянова, И. Д. Г. Ф. Ситник, Кульков, В. В. Хмелев, Н. Ф. Флоря. В первые месяцы войны В. В. Кукаркин стал преподавать штурманское дело в Высшей школе дальней авиации, а П. П. Паренаго работал как специалист по авиационной метеорологии.